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La déréglementation des micro-organismes OGM est en cours
Par Eric MEUNIER
Publié le 19/01/2026
Une proposition de directive faite par la Commission européenne le 16 décembre 2025 invite les États membres et le Parlement européen à déréglementer la commercialisation des bactéries, levures, virus et autres micro-organismes génétiquement modifiés, transgéniques compris. A lire la Commission, l’objectif serait de permettre aux entreprises de commercialiser ces micro-organismes OGM (MGM) en passant par des règles allégées, voire effacées. Évaluation des risques pour la santé et l’environnement « adaptée », fin de la traçabilité, fin de la surveillance de l’environnement… Après les végétaux, la déréglementation des OGM continue donc avec, cette fois, les micro-organismes, en attendant peut-être les animaux en 2026.
En 2023, la Commission européenne proposait de manière franche de déréglementer les plantes et micro-algues génétiquement modifiées par de nouvelles techniques de modification génétique (NTG). Alors qu’en ce début 2026, les discussions entre instances européennes continuent sur ce chantieri, la Commission semble avoir estimé que suivre la même voie pour les micro-organismes serait trop osé. Ainsi, plutôt que de mettre sur la table du législateur une proposition de nouveau règlement, la Commission a choisi de proposer, le 16 décembre 2025, la modification d’une directive existante, la 2001/18. Arguant d’une « urgence » à déposer cette proposition de directiveii, la Commission a usé d’argument parfois trompeurs, tout comme elle n’a pas fourni tous les documents à l’appui de sa proposition, pourtant obligatoires. Une situation sur laquelle Inf’OGM, après avoir décrit le contenu de la proposition dans le présent article, reviendra dans un second temps.
Réduire l’encadrement de tous les MGM, transgéniques compris
Les modifications de la directive 2001/18 contenues dans la proposition de la Commission sont peu nombreuses, mais pour le moins efficaces, pour atteindre la déréglementation des MGM. La Commission propose, dans un premier temps, de définir les MGM comme étant « toute entité microbiologique, cellulaire ou non, capable de se reproduire ou de transférer du matériel génétique, y compris les virus, les viroïdes » et « dont le matériel génétique a été modifié d’une manière qui ne se produit pas naturellement par multiplication et/ou par recombinaison naturelle » à l’exception des cultures de cellules végétales et animales. Si la directive 2001/18 définit déjà les organismes, donc les micro-organismes, introduire cette définition permet à la Commission de proposer l’inclusion dans la directive 2001/18 d’articles entièrement dédiés aux seuls micro-organismes.
C’est ainsi que la Commission propose l’ajout à la partie C, qui traite de la mise sur le marché d’OGM ou de leurs produits, d’un chapitre complet dédié aux MGM (la partie B s’occupe des disséminations dans l’environnement expérimentales). Le chapitre proposé contient trois propositions d’ajout d’articles portant sur l’évaluation des risques liés aux MGM, leur traçabilité et la durée des autorisations délivrées. Mécaniquement, il est fondamental de noter ici que ces propositions concernent tous les MGM, à savoir aussi bien les micro-organismes transgéniques que les micro-organismes génétiquement modifiés qui ne contiendraient pas de transgène dans le produit final.
Évaluation des risques « adaptée », durée d’autorisation illimitée…
Contrairement à ce que prévoit la directive 2001/18, la Commission propose, dans un premier temps, au Conseil et au Parlement européen qu’elle soit seule à décider du contenu des dossiers de demande d’autorisation à déposer dans l’UE pour pouvoir commercialiser des MGM ou leurs produits. Elle justifie cette proposition par un besoin d’adapter la liste des informations requises auprès d’une entreprise aux « progrès scientifiques et techniques ». Ces informations devraient être fournies dans chaque dossier de demande d’autorisation (appelé « notification »). La Commission souhaite pouvoir modifier seule, par actes délégués, l’annexe 3 de la directive 2001/18, qui liste ces « informations devant figurer dans la notification ». Actuellement, cette annexe impose que soient fournies des informations concernant la description de l’organisme, de la ou des méthodes de modification génétique utilisées, la description des modifications génétiques souhaitées et non souhaitées, l’évaluation des risques sur la santé, sur l’environnement, ou encore les plans de surveillance de l’environnement après dissémination commerciale. Engagée depuis plusieurs années à alléger la gestion des OGMiii, voire à les déréglementer, il y a lieu de penser que la Commission européenne a en tête de réduire ces informations requises plutôt que de les maintenir.
La seconde proposition faite tient en quelques lignes. Il s’agit cette fois de modifier la directive 2001/18 pour que les autorisations de commercialisation de MGM soient délivrées pour une durée de temps illimitée. Actuellement, la directive établit une durée maximale de dix années au terme de laquelle une demande de renouvellement doit être obtenue pour continuer à commercialiser un OGM. La principale conséquence d’une telle mesure est qu’aucune réévaluation des potentiels risques n’aurait lieu comme c’est le cas actuellement. En cas de risque découvert apparaît après la délivrance d’une autorisation, cela ne serait donc pas pris en compte, par définition.
Aucune méthode de traçabilité requise
Une troisième proposition consiste à permettre à une entreprise de ne pas avoir à fournir de méthode de détection, identification et quantification des MGM ou de leurs produits commercialisés si elle justifie qu’il « n’est pas possible de fournir de [telles] méthodes ». Cette dernière mesure rendrait donc aveugle l’UE et les autres opérateurs économiques (du paysan aux consommateurs) à toute contamination ou commercialisation illégale sur son territoire. Surtout, à l’instar de ce qu’il se passe sur les végétaux et micro-algues, cela ouvrirait encore plus les portes à des brevets détenus par des acteurs privés sur des MGM, mais également non-modifiés, constituant un frein définitif pour tous les acteurs utilisant les micro-organismes « sauvages ».
A ce stade, la Commission européenne propose donc que la commercialisation de bactéries, levures, virus ou tout autre MGM, transgénique ou non, soit autorisée pour une durée illimitée. Cette autorisation se baserait sur des dossiers (incluant l’évaluation des risques) dont seule la Commission européenne pourrait décider du contenu et sans que l’entreprise n’ait à fournir de méthode pour détecter et tracer les MGM et leurs produits.
Déréglementation totale des MGM obtenus par des NTG
La quatrième mesure proposée apparaît comme étant celle contenant, comme pour les végétaux modifiés par des NTG, une déréglementation encore plus complète de MGM. Il s’agit cette fois de distinguer les MGM d’autres MGM, qualifiés de « à faible risque ». Si les premiers seraient soumis aux requis de la directive 2001/18, requis qui auraient été fortement allégés, sinon réduits à néant, comme nous venons de le voir, les seconds seraient quasiment déréglementés.
Se reposant sur un avis de l’AESA de juillet 2024 affirmant, à propos de l’évaluation des risques liés aux micro-organismes, que « au cas par cas, pour certains [micro-organismes modifiés par de « nouvelles techniques génomiques »] spécifiques, moins d’exigences peuvent être nécessaires »iv, la Commission propose que des MGM puissent être déclarés comme étant « à faible risque ». Cette déclaration se ferait s’ils sont « bien caractérisés au niveau taxonomique et moléculaire », s’ils appartiennent à un groupe de micro-organismes dont la sécurité supposée a déjà été établie et, point fondamental, s’ils « ne contiennent pas de gènes préoccupants qui ne sont pas naturellement présents dans l’organisme parent, en particulier pour des gènes acquis de résistance antimicrobienne ». Dit plus simplement, les MGM « à faible risque » seraient tous les MGM ne contenant pas de transgène. Donc, si on en croit la sémantique de la Commission sur le projet de déréglementation des végétaux OGM obtenus par des NTG, tous les MGM obtenus par ces techniques.
Outre que la Commission propose de pouvoir, seule, compléter ces critères de classification « à faible risque » par actes délégués, elle propose également que l’évaluation des risques telle que prévue par la directive 2001/18 soit « adaptée » pour ces MGM. De même, la surveillance de l’environnement post-commercialisation prévue par la directive 2001/18 pourrait ne pas être faite si l’entreprise estime qu’une telle surveillance « n’est pas utile ».
Déposée sur la table des instances européennes le 16 décembre 2025, la proposition de la Commission européenne va maintenant entrer dans la même procédure que celle suivie pour les végétaux faite en 2023. Les États membres, réunis au sein du Conseil de l’UE, vont se pencher dessus et donner, s’ils arrivent à se mettre d’accord, leur version du texte. De son côté, le Parlement européen fera de même dans le cadre d’un travail qui devrait commencer en 2026.
i Eric Meunier, « Majorité qualifiée au Conseil de l’Union européenne pour déréglementer de nombreux OGM », Inf’OGM, 19 décembre 2025.
ii Il s’agit d’une proposition de directive modifiant la directive 2001/18, proposition faite selon une procédure référencée 2025/0405, « Commercialisation des micro-organismes génétiquement modifiés et production d’organes ».
iii Eric Meunier, « OGM dans l’UE : une directive progressivement allégée », Inf’OGM, le journal, n°165, octobre/décembre 2021.
iv EFSA GMO Panel (EFSA Panel on Genetically Modified Organisms), Mullins, E., Bresson, J.-L., Dewhurst, I. C. et al., « New developments in biotechnology applied to microorganisms », EFSA Journal, 22(7), e8895.
