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Pour déréglementer les micro-organismes OGM, la Commission se dit dans l’urgence…
Par Eric MEUNIER
Publié le 24/09/2026
La Commission européenne veut déréglementer les bactéries, levures et virus génétiquement modifiés afin de réduire leur délai de mise sur le marché, l’évaluation de leurs risques, les informations fournies aux opérateurs et citoyens… Tel est le train de mesures proposées depuis décembre 2025 ! Sous couvert d’une soit disant urgence à agir, la Commission a réduit ses propres procédures en ne consultant pas les citoyens sur ce sujet et en ne fournissant pas certains documents, dont une importante « étude d’impact ».
En décembre 2025, à l’approche des congés de fin d’année, l’Union européenne était en plein débat législatif quant à savoir si les végétaux modifiés génétiquement par de nouvelles techniques (NTG) devaient être déréglementés ou non. C’est cette même période que la Commission européenne a choisie pour lancer une offensive législative similaire sur les micro-organismes génétiquement modifiés (MGM). Cette offensive est à l’initiative du Danemark, pays hébergeant une des principales multinationales des micro-organismes, Novonesis, qui présidait alors le Conseil de l’Union européenne (UE).
Si la Commission européenne a montré, comme nous allons le voir, une grande célérité sur ce dossier, c’est qu’elle a pris beaucoup de libertés avec plusieurs étapes procédurales. Mais, selon elle, il y aurait « urgence » à agir pour la compétitivité de l’UE. Pourtant, très peu de pays ont, à ce jour, déréglementé les OGM obtenus par des NTG (OGM/NTG), comme l’a montré un rapport de l’OCDE fin 2025i.
Pas de consultation citoyenne et un calendrier accéléré
La proposition a été rendue formellement publique le 16 décembre 2025ii. Comme toute proposition législative faite par la Commission européenne, la proposition de déréglementation des MGM est le fruit d’un travail de préparation par la Commission, qui doit, pour respecter de « bonnes pratiques », se doter de différents éléments. Parmi ceux-ci, des contributions extérieures sont habituellement collectées et une consultation publique organisée pour évaluer les attentes des citoyens, entreprises, syndicats, associations…
Une originalité pour cette proposition de déréglementer les MGM est que l’appel à contribution et la consultation publique n’ont pas eu lieu. Le texte proposé fait pourtant état de deux initiatives en ce sens, la Commission indiquant dans le propos liminaire accompagnant la proposition qu’il « a été tenu compte des points de vue des parties prenantes sur les MGM, qui ont été exprimés dans les appels à contributions relatifs au règlement européen sur les biotechnologies et au train de mesures omnibus sur la simplification en matière de sécurité des aliments destinés à l’alimentation humaine et animale et qui soulignent les innovations récentes concernant les MGM et la nécessité d’adapter le cadre relatif aux OGM à ces évolutions ». La formule de la Commission est juste, puisque les consultations auxquelles elle renvoie ne portaient pas sur une déréglementation des MGM disséminables dans l’environnement. La premièreiii concernait le « Biotech Act », qui traite surtout des biotechnologies en général, mais dont l’appel à contribution ne mentionnait pas les micro-organismes. La secondeiv portait sur la sécurité des aliments à destination humaine et animale et cite les MGM uniquement dans le cadre de leur culture en fermenteur. Considérant que cette proposition « fait partie du paquet Biotech »v, la Commission a sûrement estimé qu’une consultation dédiée n’était pas nécessaire, faisant fi des citoyens et les mettant dans une position incongrue les empêchant de commenter un projet législatif dont ils n’avaient pas été avertis.
En l’absence d’appel à contribution et de consultation publique préalable, sur quelle base s’est donc reposée la Commission européenne ? Toujours dans ses propos liminaires, la Commission se réfère à « une étude externe commandée par la Commission européenne, intitulée « Analysis of the Regulatory Framework for Biotechnology and Biomanufacturing in the EU » », dont elle précise qu’elle « est en cours de réalisation » et « en anglais uniquement » au moment où la proposition est formellement déposée. La Commission précise également avoir recueilli des informations « au moyen de 25 entretiens (réalisés en novembre 2025) ». Avec qui s’est-elle entretenue ? L’information n’est pas donnée…
Une étude d’impacts obligatoire… mais inexistante
Parmi les documents que la Commission européenne doit fournir lorsqu’elle effectue une proposition législative se trouve un « étude d’impacts ». La réalisation d’une telle étude paraît logique, puisqu’il s’agit d’évaluer les impacts positifs et négatifs qu’auraient les nouvelles mesures proposées par la Commission. Or, dans le cas des MGM, la Commission ne connaît pas les impacts qu’auraient sa proposition si elle devait être adoptée. En effet, aucune étude d’impacts n’a été jointe le 16 décembre 2025, ni même encore aujourd’huivi.
« Au vu de l’urgence à intervenir en matière de biotechnologie, la Commission a décidé de ne pas faire d’évaluation d’impact avant de présenter cette proposition mais, de présenter un document de travail pour étayer les preuves collectées, les consultations, et ainsi de suite »
Irene Sacristán Sánchez, Directrice de l’Unité Biotech de la Commission européenne, le 24 mars 2026 devant des eurodéputés
La Commission européenne a justifié cette absence d’étude d’impacts « compte tenu de la nécessité politique urgente de relever les défis recensés dans le règlement européen sur les biotechnologies ». Elle précise qu’une « analyse d’impact ne pouvait pas être réalisée dans le laps de temps disponible avant l’adoption de la proposition ». Cette position a été confirmée par la Directrice de l’Unité Biotech de la Commission européenne, Irene Sacristán Sánchez, le 24 mars 2026vii. Ce jour-là, s’adressant aux eurodéputés membres de la Commission mixte Envi – Santé publique du Parlement européen, elle a affirmé qu’ « au vu de l’urgence à intervenir en matière de biotechnologie, la Commission a décidé de ne pas faire d’évaluation d’impact avant de présenter cette proposition mais, de présenter un document de travail pour étayer les preuves collectées, les consultations, et ainsi de suite ».
Cette explication est étonnante, car le travail sur ce projet législatif n’a pas débuté à l’automne 2025. Dès 2022, la Commission mandatait l’Autorité européenne de sécurité des aliments (AESA), qui réunit des experts européens, pour qu’elle lui fournisse un rapport sur l’évaluation des risques liés aux MGM disséminés dans l’environnement. En 2023, elle mandatait son autre groupe d’experts, le réseau européen des laboratoires sur les OGM (ENGL) pour un rapport sur la détection et l’identification des MGM. Et, en février 2024, alors que la Commission avait commencé à rassembler les documents scientifiques nécessaires, le Parlement européen lui demandait une revue des informations disponibles sur « les micro-organismes, champignons et animaux » en vue d’une déréglementation des MGM issus de NTG (MGM/NTG). L’urgence à agir revendiquée par la Commission européenne pour justifier de ne pas avoir eu le temps de faire une étude d’impacts de sa proposition n’est dès lors pas justifiée, quatre années ayant passé depuis qu’elle a initié son travail.
Cependant, la Commission a assuré, le 16 décembre 2025, que « les services de la Commission élaboreront un document de travail analytique (SWD), lequel expliquera la proposition et présentera les données probantes et l’analyse d’impact qui l’appuient, y compris une évaluation du rapport bénéfice/risque ». A la date de publication de cet article, presque une année plus tard, ces documents à l’appui de la proposition de directive sur la dissémination des MGM ne sont toujours pas publiés sur le site de l’observatoire législatif européen. Seuls ont été rendus publics les documents de travail à l’appui du Biotech Act.
Une proposition qui surinterprète des experts
Parmi les autres largesses prises par la Commission, il peut être utile de rappeler le cas des deux avis d’experts susmentionnés, collectés en 2022 et 2023.
Concernant la détection et identification dans la filière agroalimentaire des MGM/NTG, l’ENGL avait fourni son rapport en 2025. Comme Inf’OGM le rapportait alors, ce rapport concluait au fait que « la grande majorité de ces micro-organismes sont détectables et identifiables. Mais, « dans certains cas », avec les procédés actuellement disponibles, de très petites modifications génétiques peuvent être plus compliquées, voire impossible, à détecter et différencier de celles qui peuvent se produire sans intervention technique sur le génome ». La lecture qu’a fait la Commission européenne de ce rapport est sur cette ligne, mais la proposition qu’elle choisit de faire ne se limite pas à certains cas. En effet, elle note dans son propos liminaire l’existence de « certains problèmes dus à des difficultés techniques et au fait que, dans certains cas, des modifications semblables à celles obtenues au moyen de NTG peuvent également se produire naturellement »viii. Le texte législatif proposé prévoit donc les cas pour lesquels « il n’est pas possible de fournir une méthode d’analyse permettant de détecter, d’identifier et de quantifier » le MGM. La généralisation opérée se trouve dans la mesure législative proposée, puisqu’elle envisage que « si cela est dûment justifié par le notifiant, les modalités pour satisfaire aux exigences relatives aux performances de la méthode d’analyse devraient être adaptées par voie d’actes d’exécution ». A charge donc aux entreprises de déclarer leur MGM traçable ou non…
Concernant la question de l’évaluation des risques des MGM/NTG, la culbute opérée par la Commission est plus fine. En octobre 2025, l’AESA rendait son rapport sur la questionix, rapport sur lequel Inf’OGM reviendra en détail dans un prochain article. Les experts concluaient notamment que « au cas par cas pour certains MGM/NTG spécifiques, moins d’informations pourraient être nécessaires » pour conduire une analyse de risques valables. Ils précisaient qu’étant donné « que les risques potentiels sont liés aux modifications génotypiques et phénotypiques introduites et non à la méthode utilisée pour la modification, il est recommandé que toute nouvelle ligne directrice adopte une approche cohérente en matière d’évaluation des risques pour les souches ou les produits dérivés de micro-organismes » génétiquement modifiés, quelque soit la technique utilisée.
Sur cette base, la Commission européenne propose que la législation actuelle sur les OGM soit modifiée de manière à « établir des exigences spécifiques pour les MGM présentant un profil de risque intrinsèquement faible, afin de garantir que l’évaluation des risques et les procédures sont proportionnées aux risques que présentent les MGM [et ainsi] entraîner une réduction du délai de mise sur le marché des MGM à faible risque ».
Cette notion même de MGM « à faible risque » n’existe pas dans l’avis de l’AESA. S’il mentionne des risques potentiellement « moins fréquents » pour certains MGM, nul part n’est évoqué l’existence de MGM « à faible risque ». Toutefois, pour la Commission, ce changement de sémantique suffit à proposer qu’elle soit seule en charge de modifier la directive 2001/18 de manière à prévoir pour ces « MGM à faible risque des exigences procédurales qui soient adaptées à leurs caractéristiques ». Ce statut de « MGM à faible risque » reposerait sur une notion établissant que le MGM dispose d’une « présomption d’innocuité reconnue » qui serait établi par les experts européens via « un statut de sécurité attribué par [l’AESA] à des groupes sélectionnés de micro-organismes sur la base d’une évaluation ne révélant aucune préoccupation en matière de sécurité » et à la condition que le MGM ne contienne « pas de gènes préoccupants qui ne sont pas naturellement présents dans l’organisme parental, en particulier des gènes de résistance acquise aux antimicrobiens ». On peut dès lors s’attendre à ce que, si le Conseil de l’UE et le Parlement européen lui confèrent ce pouvoir, la Commission modifie la directive 2001/18 de manière à ce qu’aucune évaluation des risques spécifiques ne soit conduite pour ces MGM…
La Commission fait d’un texte deux déréglementations
La proposition de directive 2025/0405 visant à faciliter la dissémination commerciale de MGM en Europe contient un autre sujet qui n’a rien à voir avec les MGM : celui de la production et transplantation d’organes en médecine humaine. Un seul texte législatif pour modifier deux directives qui traitent de domaines différents… un choix qui interroge. Comme le note le Sénat français dans un rapport de sa Commission des Affaires européennes daté du 13 mai 2026, cette fusion des deux sujets a été faite par la Commission « au motif qu’elle apporte des évolutions annoncées dans le cadre de la nouvelle législation sur les biotechnologies [NDLR : le Biotech Act], ne pouvant se faire qu’au moyen d’une directive et ne pouvant donc figurer dans la proposition de règlement [NDLR : le Biotech Act] »x.
Cette explication ne permet pourtant pas de comprendre pourquoi la Commission européenne n’a pas fait deux propositions de directives, l’une pour traiter des MGM et l’autre de la transplantation d’organes. A nouveau, le 24 mars 2026, lors de la réunion de la Commission mixte Envi – Santé publique du Parlement européenxi, Irene Sacristán Sánchez a expliqué que le Biotech Act est « un puzzle, une mosaïque qui traite de plusieurs points […] et ces deux éléments en font partie ». Une explication qui, de fait, n’en n’est pas une… Le Sénat français jugera d’ailleurs, en mai 2026, qu’une « telle proposition de révision aurait dû être séparée de la révision de la directive sur les OGM ».
L’urgence à agir revendiquée par la Commission européenne lui permet d’entamer des procédures de modification de la législation européenne dans des délais très serrés. Si les discussions sur la déréglementation des végétaux OGM/NTG a pris trois ans, la Commission souhaite aller plus vite pour les MGM. Le Sénat français note d’ailleurs que « la Commission européenne multiplie ces dernières années des propositions législatives tendant à la simplification, prenant notamment la forme d’ « omnibus », qui sont le plus souvent examinées dans des délais très resserrés » et s’alarme qu’une telle proposition législative « soit examinée dans d’aussi brefs délais, alors qu’elle porte sur la réglementation des organismes génétiquement modifiés, [un sujet] particulièrement critique au regard des enjeux environnementaux, sanitaires et éthiques » qu’il soulève. Outre les multiples impacts environnementaux, sanitaires et les atteintes aux droits paysan soulignés par un collectif d’organisations françaisesxii, la proposition devrait en plus être traitée dans l’urgence. Malgré la gravité du sujet, le législateur européen ne conteste pas cette pression à agir. Le Conseil de l’UE a en effet déjà adopté une position favorable six mois après le démarrage du travailxiii tandis que le Parlement pourrait adopter la sienne moins d’un an après, au mois de novembre prochain…
i Eric Meunier, « L’OCDE expose la disparité des réglementations sur les OGM/NTG », Inf’OGM, 17 septembre 2026.
ii Commission européenne, « Document 52025PC1031 -Proposition de DIRECTIVE DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL modifiant les directives 2001/18/CE et 2010/53/UE en ce qui concerne la mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le reconditionnement des organes – COM/2025/1031 final », 16 décembre 2025.
iii Commission européenne, « Règlement sur la biotechnologie ».
iv Commission européenne, « Sécurité des aliments destinés à l’alimentation humaine et animale — train de mesures omnibus sur la simplification ».
v Propos tenus par la Commission européenne lors d’une réunion de la Commission mixte Envi – Santé publique du Parlement européen, le 24 mars 2026.
Parlement européen, « Joint Committee Procedure ENVI-SANT CJ64 », 10:15:00, 24 mars 2026.
vi Les documents à joindre par la Commission à sa proposition législative sont accessibles sur la page dédiée à la proposition sur le site de l’Observatoire législatif européen, dans la rubrique « Portail de documentation / Commission européenne ». Le portail de documentation ne fournit toujours aucun document de la Commission européenne autre que la proposition faite en décembre 2025.
Parlement européen, « Mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le traitement d’organes – 2025/0405(COD) », visité le 27 août 2026.
vii Parlement européen, « Joint Committee Procedure ENVI-SANT CJ64 », 10:15:00, 24 mars 2026.
viii Voir point 3 du propos liminaire de la Commission à sa proposition législative :
Commission européenne, « Document 52025PC1031 -Proposition de DIRECTIVE DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL modifiant les directives 2001/18/CE et 2010/53/UE en ce qui concerne la mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le reconditionnement des organes – COM/2025/1031 final », 16 décembre 2025.
ix EFSA GMO Panel (EFSA Panel on Genetically Modified Organisms), Mullins, E. et al., «New developments in biotechnology applied to microorganisms », EFSA Journal, Vol. 22, Issue 7, e8895, 22 juillet 2024.
x République française, Sénat, Commission des Affaires européennes, « AVIS POLITIQUE sur la proposition de directive du Parlement européen et du Conseil modifiant les directives 2001/18/CE et 2010/53/UE en ce qui concerne la mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le reconditionnement des organes COM(2025) 1031 final », 13 mai 2026.
xi Parlement européen, « Mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le traitement d’organes – 2025/0405(COD) », visité le 27 août 2026.
xii Eric Meunier, « Mobilisation contre la déréglementation des micro-organismes OGM », Inf’OGM, 3 septembre 2026.
xiii Eric Meunier, « Le Conseil de l’UE veut accélérer la dissémination des MGM dans l’environnement », Inf’OGM, 16 juin 2026.
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