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Le Conseil de l’UE veut accélérer la dissémination des MGM dans l’environnement
Par Eric MEUNIER
Publié le 16/06/2026
Mardi 16 juin 2026, le Conseil de l’Union européenne a atteint une majorité qualifiée pour entrer en négociation avec le Parlement européen sur un projet de Directive qui permettrait la dissémination dans l’environnement de micro-organismes génétiquement modifiés dans des conditions d’encadrement amoindries. La France s’est déclarée favorable à ce projet de directive. Cette décision valide la proposition de la Commission européenne du 16 décembre 2025 dans le cadre des « actes Biotech ». Ces derniers ambitionnent des simplifications réglementaires au profit des entreprises.
Pour les micro-organismes génétiquement modifiés, c’est peu dire que le travail du Conseil de l’Union européenne (UE) s’est fait à marche forcée. Alors qu’il aura fallu près de deux années, entre juillet 2023 et mars 2025, aux États membres pour s’accorder sur un mandat de négociation avec le Parlement européen dans le dossier des végétaux génétiquement modifiés par de nouvelles techniques (OGM/NTG), il leur aura fallu moins de six mois pour voter un mandat de même nature sur le dossier des micro-organismes génétiquement modifiés (MGM) pouvant être disséminés dans l’environnementi. Il est pourtant ici question de bactéries, levures ou virus qui seraient génétiquement modifiés et disséminables dans l’environnement via un cadre réglementaire « simplifié ». A une époque d’épidémies régulières, voire de pandémies, la célérité des gouvernements, dont la France, à simplifier la dissémination dans l’environnement de bactéries ou virus OGM interroge…
Comme Inf’OGM le rapportait en janvier 2026ii, la proposition de directive faite par la Commission européenne et travaillée depuis par le Conseil de l’UE a un objectif non affiché, mais clair : faciliter la commercialisation et dissémination dans l’environnement de MGM en réduisant au maximum toute surveillance. Pour celaiii, il est proposé de définir les MGM comme étant « toute entité microbiologique, cellulaire ou non, capable de se reproduire ou de transférer du matériel génétique, y compris les virus, les viroïdes » et « dont le matériel génétique a été modifié d’une manière qui ne se produit pas naturellement par multiplication et/ou par recombinaison naturelle » à l’exception des cultures de cellules végétales et animales. Une telle définition spécifique aux micro-organismes permet au Conseil d’ajouter à la directive 2001/18 des articles qui permettraient d’exempter nombre de MGM…
Des exemptions pour tous les MGM, transgéniques ou non
Dans un premier temps, le texte prévoit que la Commission soit seule à décider du contenu des dossiers de demande d’autorisation à déposer dans l’UE pour pouvoir commercialiser des MGM. Il serait nécessaire d’adapter la liste des informations requises auprès d’une entreprise aux « progrès scientifiques et techniques ». La Commission pourrait ainsi modifier, par actes délégués, l’annexe 3 de la directive 2001/18, qui liste ces « informations devant figurer dans la notification ». A l’heure actuelle, il est demandé la description de l’organisme, la ou les méthodes de modification génétique utilisées, la description des modifications génétiques souhaitées et non souhaitées, l’évaluation des risques sur la santé, sur l’environnement, ou encore les plans de surveillance après dissémination dans l’environnement.
La première autorisation délivrée resterait pour une période de 10 ans, comme le prévoit la directive 2001/18 actuellement. Mais le Conseil souhaite qu’au terme de ces 10 ans, son renouvellement soit pour une période illimitée dans le temps, contre une durée maximale de 10 années aujourd’hui. Une telle approche impliquerait une absence de réévaluation de potentiels risques préalablement non identifiés.
Une troisième « exemption » prévue par le texte du Conseil de l’UE est celle permettant à une entreprise de ne pas avoir à fournir de méthode de détection, identification et quantification des MGM ou de leurs produits commercialisés si elle justifie qu’il « n’est pas possible de fournir de [telles] méthodes ». En ce cas, l’UE serait alors complètement aveugle, de même que les autres opérateurs économiques (du paysan aux consommateurs) à toute contamination ou commercialisation sur son territoire. Une telle situation ouvrirait, comme dans le cas des végétaux et micro-algues OGM/NTG, encore plus les portes à l’extension abusive de la portée des brevets détenus par des acteurs privés sur des MGM ou non, constituant un frein définitif pour tous les acteurs utilisant les micro-organismes « sauvages ».
Pour les MGM obtenus par des NTG, une déréglementation quasi totale
Pour les MGM obtenus par des NTG, le texte du Conseil de l’UE modifie la proposition de la Commission européenne, à savoir la possibilité que ces MGM soient qualifiés comme étant « à faible risque ». Le Conseil évoque une « procédure accélérée » qui pourrait concerner, quelles que soient les modifications génétiques effectuées, les MGM bénéficiant d’un statut de « présomption de sécurité justifiée » et sans « gènes préoccupants ».
Dans ces cas là, le texte prévoit que la Commission puisse, seule, compléter les critères d’éligibilité à cette procédure accélérée. Il prévoit également que le contenu des demandes d’autorisation et la procédure d’autorisation soit « adaptés » pour ces MGM afin de « simplifier certains éléments de procédure et d’accélérer les délais ». Enfin, à l’instar de la fourniture de méthode de traçabilité, la surveillance post-commercialisation dans l’environnement prévue par la directive 2001/18 pourrait ne pas être réalisée si l’entreprise estime qu’une telle surveillance « n’est pas utile ».
Le Parlement européen planche sur le sujet
Maintenant que le Conseil de l’UE a adopté un mandat de négociation avec le Parlement européen, la position de ce dernier est de fait attendue. Pour l’instant, son travail se fait dans une commission conjointe Environnement-Agriculture. Les eurodéputés membres de cette Commission conjointe discutent et devraient présenter, à l’automne 2026, une version de la proposition de la Commission européenne, modifiée ou non, à la totalité des eurodéputés. Si les eurodéputés ne rejettent pas purement et simplement le texte, mais décident alors de l’amender, les négociations avec le Conseil de l’UE et la Commission européenne pourront alors commencer dans une procédure appelée « trilogue ». Cette procédure pourrait alors commencer début 2027.
i Conseil de l’UE, « Council agrees mandate on measures to advance biotech innovation in the EU », 16 juin 2026.
ii Eric Meunier, « La déréglementation des micro-organismes OGM est en cours », Inf’OGM, 19 janvier 2026.
iii Conseil de l’UE, « Proposition de DIRECTIVE DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL modifiant les directives 2001/18/CE et 2010/53/UE en ce qui concerne la mise sur le marché de micro-organismes génétiquement modifiés et le reconditionnement des organes – Orientation générale », 8 juin 2026.
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