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La Commission européenne propose une législation sur le biocontrôle

Par Christophe NOISETTE

Publié le 15/06/2026

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Proposée en décembre 2025, Omnibus Xⁱ introduit, pour la première fois dans le droit européenⁱⁱ, une définition non pas du biocontrôle, mais des produits de biocontrôle. Elle propose également un cadre réglementaire léger pour en faciliter la commercialisation. Dans ses propos liminaires, la Commission affirme que cela permettra de « réduire la dépendance des agriculteurs à l’égard des produits phytopharmaceutiques contenant des substances actives chimiques » et d’ « accroître l’accessibilité et la disponibilité des produits phytopharmaceutiques durables, y compris les produits phytopharmaceutiques contenant des substances de biocontrôle ». Le biocontrôle devient ainsi la vitrine d’une promesse de transition, justifiant pour la Commission un allègement structurel des contrôles pour toute une série de substances non classées « préoccupantes ».

En introduction, il est important de noter que la proposition de définition formulée par la Commission européenne englobe de nombreux produits : de l’argile aux spray à ARNi en passant par des phéromones. Elle permet un grand écart, car les produits de biocontrôle peuvent être des substances d’origine naturelle ou synthétiques si elles sont «similaires» aux premières. On retrouve ici un des éléments de langage fondateurs de la déréglementation des OGM/NTG. Cette dernière serait justifiée par une « équivalence » entre ces OGM et ce que font la nature ou la sélection conventionnelle, équivalence jamais explicitée scientifiquement.

Lutte biologique et biocontrôle : une confusion organisée

La Commission européenne propose de modifier le règlement européen (1107/2009) qui encadre les pesticides et de créer une nouvelle catégorie de « produits phytopharmaceutiques » (sic) : les « substances de lutte biologique » (« biocontrol substance » dans la version anglaise)ⁱⁱⁱ. Cette traduction créée de la confusion en assimilant de facto la lutte biologique et les produits de biocontrôle. Même si la pertinence étymologique du terme biocontrôle devrait être discutée, Inf’OGM utilisera ici ce terme pour clairement distinguer deux approches.

En effet, le glissement sémantique opéré n’est pas neutre. Il met dans une même catégorie juridique des produits naturels, les préparations naturelles peu préoccupantes (PNPP) et des produits industriels de substitution. Les PNPP (coccinelles, nématodes, pièges à phéromones, poudre de Bacillus thuringiensis,…) s’intègrent dans une approche « système », qui est une stratégie mêlant des pratiques agricoles visant à freiner la prolifération des pathogènes et à favoriser la présence d’auxiliaires (rotations des cultures, semences populations, mélanges de variétés et d’espèces, haies,…). Au contraire, les produits industriels de substitution restent, eux, dans le paradigme actuel des pesticides de synthèse et des biotechnologies.
Une autre grande différence entre ces deux catégories de produits existe : certains produits de biocontrôle sont destinés à être couverts par des brevets, contrairement aux produits naturels et aux pratiques utilisés dans le cadre de la lutte biologique.
Enfin, il convient de dénoncer ce terme trompeur qui pourrait faire passer la totalité des produits de biocontrôle pour des produits de lutte biologique. En effet, ce dernier terme peut laisser penser qu’il s’agit d’agriculture « biologique ». Or, les produits de biocontrôle issus de chimie de synthèse ou génétiquement modifiés ne sont pas autorisés en agriculture biologique. Nous aurons l’occasion de détailler l’opposition entre biocontrôle et agriculture biologique dans un prochain article .

Omnibus X définit les produits de biocontrôle

Le premier élément d’Omnibus X concerne ainsi la définition. L’article 2 du règlement 1107/2009 serait remanié pour que ce règlement « s’applique aux substances, y compris les substances de biocontrôle [NDLR : le règlement actuel note « y compris les micro organismes »] exerçant une action générale ou spécifique sur les organismes nuisibles ou sur les végétaux ».

Omnibus X (article 3.35) énonce ce qu’est, pour la Commission européenne, un produit de biocontrôle. Selon sa proposition, il s’agit :

• des micro‑organismes ;
• des substances inorganiques « telles qu’elles se trouvent dans la nature », à l’exclusion des métaux lourds et de leurs sels ;
• des « substances d’origine biologique » ou produites par synthèse, mais « fonctionnellement identiques et structurellement similaires » aux premières. On retrouve ici le même glissement sémantique et conceptuel que le passage de la directive 2001/18 (produits OGM définis d’abord par leur mode d’obtention) au nouveau règlement NTG (produits définis par certaines de leurs caractéristiques, quel que soit leur mode d’obtention).

Première remarque : cette proposition de définition laisse hors champ les macro‑organismes (coccinelles, trichogrammes, etc.), qui sont le symbole de la lutte biologique. Il n’existe pas, au niveau européen, de procédure d’autorisation harmonisée unique pour la mise sur le marché ou l’introduction de macro-organismes auxiliaires. Ce sont les États membres qui gèrent et continueraient donc de gérer l’introduction, la production et la commercialisation de ces organismes sur leur territoire. La France, par exemple, les a inclus dans les produits de biocontrôle.

Décortiquons donc ces trois catégories de produits du biocontrôle.

Les micro-organismes

Les micro-organismes (bactérie, champignon, virus) sont déjà encadrés par le règlement 1107/2009 en tant que « substance active » d’un produit phytopharmaceutique. Avec Omnibus X, ils restent dans le domaine des pesticides, mais ce texte propose de leur adjoindre un autre statut, celui de « produits de biocontrôle ».

Des produits consistant en ou contenant des micro-organismes sont utilisés depuis longtemps en agriculture, comme par exemple des poudres riches en spores et cristaux à base de bactéries (Bacillus thurigiensis contre certains insectes, Bacillus subtilis comme des maladies fongiques) ou des champignons (Trichoderma harzianum contre le fusarium). Au 31 décembre 2025, l’Autorité européenne de sécurité des aliments (AESA) recensait 138 micro-organismes en tant que « produits phytopharmaceutiques ».

La présence des micro-organismes dans cette définition pose la question plus particulière des micro-organismes génétiquement modifiés (MGM). A ce jour, aucun micro-organisme génétiquement modifié n’a été autorisé en tant que pesticide dans l’Union européenne. Cependant, plusieurs essais en champs ont été menés. Ainsi, aux Pays-Bas, la bactérie Pseudomonas putida WCS358r, génétiquement modifiée pour lutter contre des champignons pathogènes du blé, a été testée en champ à la fin des années 90 par l’Université d’Utrecht^v.

En revanche, plusieurs MGM commercialisés comme des « produits de biocontrôle » ont été autorisés aux États-Unis. Citons en deux.
Dès 1996, la bactérie Bacillus thuringiensis (Bt), génétiquement modifiée pour produire plusieurs toxines Bt et élargir ainsi le spectre insecticide de la bactérie, a été autorisée. On la retrouve dans le Crymax, un « biopesticide » (terme équivalent à « produit de biocontrôle ») commercialisé par l’entreprise Certis Biologicals^vi.
A la même époque, la bactérie Agrobacterium radiobacter K1026 génétiquement modifiée, elle aussi qualifiée de « biopesticide », était utilisée contre la galle du collet. Elle a été commercialisée par Bio‑Care (Australie) sous le nom commercial Nogall.

Omnibus X n’aborde pas la question des MGM. Avec Omnibus X, la Commission européenne fait un choix majeur. Contrairement au Chili^vii, entre autres, elle décide de ne pas exclure les MGM du biocontrôle. Or, comme nous l’avons vu, les micro-organismes peuvent être génétiquement modifiés pour être utilisés, par exemple, comme substance de biocontrôle (alors que ce sont des organismes et non des substances) ou pour produire des substances de biocontrôle (des ARN destinés à produire certaines substances biologiques par exemple).

Pour le moment, le règlement 1107/2009 (article 48) précise qu’un produit phytopharmaceutique « qui contient un » OGM réglementé selon la directive 2001/18 « fait l’objet d’un examen concernant la modification génétique, conformément à ladite directive » 2001/18. Mais la Commission a d’ores et déjà proposé un autre texte (proposition 2025/0405)^viii, qui modifie la directive 2001/18 et vise explicitement à déréglementer ces MGM. Sous forme génétiquement modifiée, ces micro-organismes passeraient ainsi par une réglementation très allégée pour leur autorisation formelle. Dans un second temps, en tant que substances de biocontrôle, ils seraient soumis à ce règlement 1107/2009 modifié, qui vise à simplifier leur commercialisation. Il y aurait donc deux encadrements pour les MGM destinés à être des produits de biocontrôle.

Les substances inorganiques

Pour ce qui est des substances inorganiques, il faut comprendre des sels minéraux simples (bicarbonate de potassium, sulfate de calcium, certains silicates) utilisés comme fongicides ou insecticides. Mais cela peut aussi être de l’argile, du talc, de la chaux,… Les métaux lourds – cuivre par exemple – et leurs sels sont spécifiquement exclus de cette définition^ix.

Les substances organiques ou synthétiques et le problème de la « similarité »

La troisième catégorie est conçue de manière extrêmement large et définie de manière particulièrement floue. Il s’agit de substances « d’origine naturelle » ou « produites de manière synthétique qui sont identiques sur le plan fonctionnel et présentent une similarité structurelle avec les premières ». Par synthétique, il est entendu « fabriqué par des humains dans des usines par des procédés chimiques »^x. Ces deux conditions « fonctionnellement identiques » et « structurellement similaires » ne sont jamais définies et il n’y a aucun renvoi à des normes OCDE (Organisation de coopération et de développement économiques), à des protocoles d’analyses des structures moléculaires ou à des seuils de similarité.

Cette idée d’une équivalence entre les produits issus de la nature et ceux synthétisés en laboratoire ne peut que nous rappeler les fondements politiques de la déréglementation des OGM/NTG. Or, cette équivalence est surtout postulée : elle n’a jamais été démontrée de manière systématique, ni dans le cas du biocontrôle, ni dans celui des NTG. C’est d’abord un choix politique, sans fondement scientifique. Mais, plus fondamentalement, l’idée que la version synthétique peut être identique à celle « d’origine naturelle », sans donner de critères pour la justifier, permet d’aligner l’évaluation des risques entre « naturel » (sur la base de millénaires d’expérience humaine) et synthétique (récent, ne bénéficiant donc d’aucune sécurité avérée par l’expérience), le second n’ayant pas a priori plus de risques^xi.

Dans les considérants du règlement Omnibus X, cette troisième catégorie est précisée. Il y a, d’une part, les substances émises par les êtres vivants dans l’environnement et qui agissent comme signal dit « sémiochimique » (phéromones entre individus d’une même espèce ou kairomones entre espèces différentes).
D’autre part, Omnibus X parle « des macromolécules biologiques ou les molécules constituées d’éléments de celles-ci, ainsi que les substances, y compris de composition inconnue et variable, provenant d’organismes vivants ou résultant de processus biologiques » (extraits de produits végétaux ou métabolites produits par des micro-organismes par exemple). Avec une telle définition, Omnibus X prépare l’accès au marché à une nouvelle génération de molécules dites « biologiques », mais pouvant être synthétiques (ARN interférents, micro‑peptides), voire même des macromolécules synthétiques « inspirées » du vivant.

Quand le texte parle de métabolites produits par des micro-organismes, gardons en tête que ces micro-organismes peuvent être génétiquement modifiés, à l’instar de ceux utilisés pour produire le ledprona^xii, la substance active (ARNi) du calantha. La question se pose alors de savoir si ces métabolites sont soumis uniquement au suel règlement 1107/2009 en tant que pesticide ou également au règlement 1829/2003 en tant que produit destiné à l’alimentation humaine et animale produit à partir d’OGM.

Cette question résonne avec le fait que, toujours dans Omnibus X, la Commission européenne propose aussi de modifier ce règlement 1829/2003 pour inscrire dans la législation européenne une pratique en place depuis 2009, à savoir que les métabolites produits par des MGM ne sont pas considérés comme « produits à partir d’OGM », et donc soumis à la législation sur les OGM, mais « produits à l’aide » d’OGM, donc non soumis à cette législation (pas d’étiquetage notamment).

Des « produits » de biocontrôle déjà commercialisés

Nous avons déjà évoqué le calantha, un spray ARNi produit par GreenLight Bioscience pour lutter contre le doryphore de la pomme de terre et que la Belgique a autorisé à titre provisoire. L’Union européenne a décidé d’évaluer la substance active du calantha, le ledprona, selon le règlement 1107/2009, même si les protocoles en vigueur s’appliquent mal à ce nouveau type de pesticide génétique. Nous pouvons aussi citer les pesticides de Micropep, basés sur des petits peptides dérivés de séquences végétales. D’autres sont en phase de développement.

Ainsi, en forçant un peu la définition, le projet des chercheurs de l’Université Northeastern^xiii (Boston, États-Unis) de créer un polymère synthétique qui casse la couche protectrice que les bactéries fabriquent autour d’elles afin de rendre les bactéries Pseudomonas aeruginosa plus sensibles aux antibiotiques classiques ne pourrait-il pas être considéré comme substance de biocontrôle ? Ces molécules ne sont pas des organismes : elles échappent donc à la directive 2001/18 sur les OGM, tout en reposant sur des biotechnologies. Elles ne sont pas non plus des pesticides chimiques. En élargissant la notion de « substances d’origine biologique » à des composés de composition « inconnue et variable », et en acceptant des équivalents synthétiques déclarés « fonctionnellement identiques » et « structurellement similaires » sans préciser les critères de cette identité, Omnibus X pourrait ouvrir un boulevard à ces nouvelles biotechnologies.

La définition que la Commission européenne propose des produits de biocontrôle est à la fois très large et très floue. Elle reprend notamment la sémantique à l’œuvre dans le projet de déréglementation des OGM/NTG en évoquant des produits issus de synthèse « similaires » à ceux de la nature. Or, cette équivalence n’a jamais fait l’objet d’une démonstration scientifique et aucun protocole sérieux ne vient la renseigner. Comme pour les OGM/NTG, le projet Omnibus X est donc, une fois cette définition posée, de proposer des allégements réglementaires. Nous les analyserons dans un article à venir.

L’ensemble du texte Omnibus X est désormais entre les mains du Conseil de l’UE, d’un côté, et du Parlement européen, de l’autre. Pour le Conseil, la présidence chypriote a montré une velléité impressionnante pour faire accepter une version amendée de ce texte par les États membres. Chypre a ainsi proposé à plusieurs reprises un texte de compromis, avec, notamment, des modifications sur la définition des produits de biocontrôle. Le pays espérait que le Conseil, réuni vendredi 12 juin 2026, exprime une majorité qualifiée. Mais cette majorité qualifiée n’a pas été constatée. Selon nos informations, cela est dû à une opposition de l’Allemagne, de l’Espagne et de l’Italie, entre autres.

i Commission européenne, « Proposal for a REGULATION OF THE EUROPEAN PARLIAMENT AND OF THE COUNCIL amending Regulations (EC) No 999/2001, (EC) No 1829/2003, (EC) No 1831/2003, (EC) No 852/2004, (EC) No 853/2004, (EC) No 396/2005, (EC) No 1099/2009, (EC) No 1107/2009, (EU) No 528/2012, (EU) 2017/625 as regards the simplification and strengthening of food and feed safety requirements », 16 décembre 2025.
Voir aussi le document de travail de la Commission européenne :
Commission européenne, « Simplification Omnibus Package – COMMISSION STAFF WORKING DOCUMENT
Accompanying the document « Proposal for a REGULATION OF THE EUROPEAN PARLIAMENT AND OF THE COUNCIL amending Regulations (EC) No 999/2001, (EC) No 1829/2003, (EC) No 1831/2003, (EC) No 852/2004, (EC) No 853/2004, (EC) No 396/2005, (EC) No 1099/2009, (EC) No 1107/2009, (EU) No 528/2012, (EU) 2017/625 as regards the simplification and strengthening of food and feed safety requirements » », 16 décembre 2025.

ii La France s’était dotée d’une telle définition et d’un tel cadre dès 2014 :
Christophe Noisette, « Le biocontrôle : un terme récent et problématique », Inf’OGM, le journal, n° 177, octobre/décembre 2025.

iii Non disponible sur le site de l’observatoire législatif européen. Voir le texte de la proposition Omnibus X traduit en français sur le site de l’Assemblée Nationale :
Assemblée nationale, « TEXTE SOUMIS EN APPLICATION DE L’ARTICLE 88-4 DE LA CONSTITUTION PAR LE GOUVERNEMENT, À L’ASSEMBLÉE NATIONALE ET AU SÉNAT – Proposition de RÈGLEMENT DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL modifiant les règlements (CE) nº 999/2001, (CE) nº 1829/2003, (CE) nº 1831/2003, (CE) nº 852/2004, (CE) nº 853/2004, (CE) nº 396/2005, (CE) nº 1099/2009, (CE) nº 1107/2009, (UE) nº 528/2012 et (UE) 2017/625 en ce qui concerne la simplification et le renforcement des exigences en matière de sécurité des denrées alimentaires et des aliments pour animaux », 1^er avril 2026.

iv De Sangosse, « Contexte, analyses et perspectives d’évolution des marchés du biocontrôle en France et à l’international », 3 avril 2024.

v Glandorf DC, Verheggen P, Jansen T, Jorritsma JW, Smit E, Leeflang P, Wernars K, Thomashow LS, Laureijs E, Thomas-Oates JE, Bakker PA, van Loon LC, « Effect of genetically modified Pseudomonas putida WCS358r on the fungal rhizosphere microflora of field-grown wheat », Appl Environ Microbiol., août 2001.

vi Certis USA a racheté à Ecogen « certains actifs des activités de biopesticides Bt et de nématodes insecticides ».
Certis biologicals, « Certis USA Completes Acquisition of Certain Ecogen, Inc. Assets », 19 juillet 2022.

vii Le 5 mai 2026, le Chili adopte une modification de la résolution 1.557/2014 « qui précise que la voie simplifiée d’autorisation des micro‑organismes de biocontrôle est réservée aux micro‑organismes non OGM ».
Ministerio del Interior, « MINISTERIO DE AGRICULTURA / Subsecretaría de Agricultura / Servicio Agrícola y Ganadero / Dirección Nacional MODIFICA RESOLUCIÓN Nº 9.074, DE 2018, Y RESOLUCIÓN Nº 1.557, DE 2014, EN EL SENTIDO DE INCORPORAR Y ACTUALIZAR AUTORIZACIONES ESPECIALES PARA PLAGUICIDAS NATURALES Y SINTÉTICOS », DIARIO OFICIALDE LA REPUBLICA DE CHILE, Núm. 44.452, 18 mai 2026.

viii « Chantiers législatifs européens en cours (OGM, brevets, DSI, semences, biotech…) », Inf’OGM.

ix Le CESE (Conseil Économique Social et Environnemental), dans son avis d’avril 2026, souhaite réintégrer les métaux lourds et leurs sels.

x Dans le règlement 1107/2009, les adjectifs « naturel » et « synthétique » ne sont pas définis.

xi A noter qu’une molécule naturelle et une molécule de synthèse n’ont, la plupart du temps, pas la même structure dextrogyre ou lévogyre.

xii Environmental Protection Agency, « Human Health Risk Assessment, Review of Product Characterization and Manufacturing Process for the New end-use product, Calantha », 29 septembre 2023.

xiii Cynthia McCormick Hibbert, « Barnacle-inspired polymers could present new way to design antibiofilm materials, researchers say », Northeastern Global News, 9 octobre 2024.
Apoorva Vishwakarma, Amal Narayanan, Nityanshu Kumar, Zixi Chen, Francis Dang, Joshua Menefee, Ali Dhinojwala, and Abraham Joy, « Coacervate Dense Phase Displaces Surface-Established Pseudomonas aeruginosa Biofilms », Journal of the American Chemical Society, Vol. 146, Issue 38, 11 septembre 2024.