Actualités

Crispr : plus d’effets hors-cible que prévus

Par Eric MEUNIER

Publié le 19/12/2019, modifié le 01/12/2023

Partager

Le travail dont les chercheurs de l’Institut « d’édition du génome » aux États-Unis viennent de rendre compte appartient au domaine médical humain [1]. Leur objectif était de mettre au point un outil permettant de choisir la meilleure stratégie pour opérer une modification génétique avec Crispr dans le monde animal. Finalement, ils ont obtenu un outil qui leur a surtout servi à observer et analyser les modifications génétiques non intentionnelles obtenues. Des résultats qui alimentent la prudence quant à la précision et sécurité alléguées de cette technique.

Des modifications non intentionnelles nombreuses

Les utilisations de la technique Crispr sur l’humain imposent aux chercheurs d’être certain du résultat obtenu. Comme l’expliquait en 2017 Stanislas Lyonnet, directeur de l’institut de recherche Imagine sur les maladies génétiques, à propos de l’utilisation de Crispr en thérapie génique, la médecine humaine ne peut se payer le luxe de l’imprécision. Les chercheurs étasuniens ont donc conduit une expérience in vitro : ils ont coupé un ADN circulaire (plasmide) à l’aide d’un complexe Crispr/Cas9 ou Cas12 puis, en ajoutant des petites séquences d’ADN et des extraits de cellules humaines qui vont permettre à la réparation d’avoir lieu, ont obtenu de l’ADN ayant intégré ces petites séquences.

Avec Crispr/Cas9, sur l’ensemble des molécules d’ADN obtenues en fin d’expérience, la modification génétique désirée était présente dans au mieux 65,7% des cas, au pire dans 5,4% des cas. Souvent, ce sont des petites insertions ou délétions de quatre ou cinq paires de bases qui ont eu lieu, en aval du site de coupure par Crispr. Avec le complexe Crispr/Cas12a, la fourchette obtenue va de 18,8 % à 65 %, certaines modifications étant accompagnées d’insertions ou délétions plus grandes qu’avec Crispr/Cas9. Dans tous les cas, les modifications non intentionnelles observées étaient présentes à proximité du site de coupure visé.

Des résultats à extrapoler prudemment

Les chercheurs annoncent continuer leur travail de caractérisation. Ils se positionnent également prudemment sur les mécanismes en jeu. Comme ils le précisent, ils ne peuvent garantir que leurs observations dans un système utilisant des extraits de cellules puissent être transposées à une expérience similaire utilisant des cellules entières. Dans une cellule, l’ADN est en effet dans d’autres conditions que dans leur système qui peuvent influer sur la précision et l’efficacité de la modification génétique. Ils estiment par ailleurs que le type de modifications non intentionnelles observées pourraient ne pas survenir à chaque expérience. Mais, dans la balance, les chercheurs rappellent également qu’un travail sur cellule impliquerait d’autres problèmes comme celui lié à l’apport du complexe Crispr/Cas dans la cellule par exemple. L’entreprise Recombinetics qui voulait commercialiser des bovins sans corne mais avec des séquences génétiques en trop peut en témoigner [2].

Dans une interview [3], E. Kmiec explique que leur travail a révélé des « mutations subtiles » autour du site de coupure ciblé, très différentes des risques habituellement soulevés pour Crispr d’avoir des « mutations hors-cible en dérivant loin du site visé et en coupant aléatoirement le génome » (cf. encadré). Ce sont en fait des mutations non intentionnelles autour du site ciblé dont Inf’OGM a déjà parlé [4]. B. Sansbury, l’autrice principale de l’article, estime que Crispr permet d’atteindre un niveau de réparation réussie qui « aurait été inimaginable voici cinq ans », et ajoute que ces observations d’effets non intentionnels nombreux doivent être mieux compris de manière à ce que « lorsque nous réparons un problème, nous n’en créions pas un autre ». En résumé, les chercheurs considèrent que Crispr ne sera jamais parfait à 100 % mais rêvent d’un « taux de précision de 70 à 80 % » !

Ce travail a été effectué dans une visée médicale humaine où l’on recherche beaucoup plus les erreurs que chez les animaux ou les plantes, lorsque Crispr est utilisé comme outil de thérapie génique. Mais ces résultats alimentent également les débats pour le domaine végétal. Car il est difficile de croire que l’utilisation du même outil sur des cellules de plantes se fera sans aucun effet non intentionnel proche du site de coupure. Or, comme Inf’OGM l’a déjà renseigné, de tels effets peuvent servir de signatures pour mettre en place des protocoles de détection et traçabilité des OGM obtenus, à l’image de la reconnaissance faciale ou d’empreintes digitales. Dès lors, il ne serait plus utile de modifier la législation OGM pour dérèglementer ces derniers au prétexte, selon leurs promoteurs, qu’ils ne seraient pas différenciables de ce que la Nature peut faire.